GenBioが「バーチャルセル」AIモデルを公開

ノーベル賞受賞者のデビッド・ベイカー氏を共同創設者の一人に名を連ねるこのAIスタートアップは、細胞の自然な状態と連続的な摂動への反応の両方をシミュレートできる細胞の「ワールドモデル」を発表した。これは生物学研究を一変させる可能性がある。

シミュレーションの中に生きる

コンピュータ上（in silico）で生物をシミュレートすることは、何十年もの間、コンピュータ科学者と生物学者の両方の夢だった。しかし、これまでの試みは生物学の計り知れない複雑さに阻まれてきた。既存の計算ツールではそれを十分に再現できなかったのだ。

近年のAIの進歩はこの方程式を大きく変え、科学者が目標を達成できる可能性を大幅に高めたかもしれない。現在、複数のチームが生物学における基盤モデルやその他の大規模AIモデルを開発している。これには、Nucleotide Transformer、Evo、ESM、AlphaFold、GeneFormer、その他多くが含まれる。基盤モデルとは、非常に広範なデータセットでトレーニングされた大規模なモデルであり、汎用的な表現を学習することで、後に多くの異なるタスクに再利用できるものである。

しかし、これら巨大なモデルであっても、その範囲やモダリティ（様態）には依然として限界がある。アミノ酸配列からタンパク質構造を予測するAIモデルであるAlphaFoldを例に挙げてみよう。それは素晴らしいものだが、我々が生命と呼ぶもののほんの一部しかカバーしていない。そのため、実際に生命をシミュレートするための提案されている一つのルートは、複数の特化型モデルをより大きなシステム内で連携させることである。

世界を構築するという挑戦

カリフォルニア州パロアルトに拠点を置くスタートアップ、GenBio AIは、その目標に向けた初期の一歩となる可能性のある発表を行った。同社の共同創設者リストには、ノーベル賞受賞者のデビッド・ベイカー氏、AI科学者のエリック・シン氏、その他の著名なライフサイエンスおよびAI研究者が名を連ねている。本日公開されたプレスリリースでは、AIDO Cellを仮想細胞の「ワールドモデル」と表現しており、「DNAやRNAからタンパク質、そして細胞全体レベルに至るまで、生物学的階層のすべてにおいて、自然な状態および薬物やその他の介入に対する反応の両方でヒト細胞をシミュレートできる最初のシステム」としている。

「ここで刺激的なのは、細胞生物学を解決したということではない。少なくともまだ解決はしていない」と、計算タンパク質設計の業績で2024年ノーベル化学賞を受賞したベイカー氏は語った。「重要なのは、初めて、DNAから細胞全体の挙動に至るまで、生物学的スケールの全階層にわたって細胞を一箇所でシミュレートできるシステムを手に入れたことであり、これにより計算によって細胞を詳しく調べることが可能になるということだ。」